E' il paese principale dell'isola, che si trova sulla costa orientale, dove i traghetti arrivano da Porto Santo Stefano. E’ un centro turistico, con il suo vivace lungomare, perfetto per passeggiare lungo i moli e fare shopping nelle numerose boutique. Le case colorate dei pescatori sparse intorno al porto, le strade strette e i vicoli che portano alla caratteristica Piazza della Dogana lo rendono un intimo angolo dall’atmosfera mediterranea. Giglio Porto è l’anima dell'isola con i suoi bei monumenti come la Torre del Saraceno, di origine medievale, e la chiesa della Madonna del Giglio. In questa cittadina si trovano molti servizi, come la banca, l’ufficio postale e la farmacia, il noleggio di veicoli, un centro medico.
C'è solo un porto sull'isola, nel paese di Giglio Porto: questo pittoresco porto con la marina che si trova di fronte a una fila di case colorate offre i servizi di base come l'acqua e l'elettricità alle barche che ormeggiano.